Den Pfandbriefinstituten wurde in der Zeit des Nationalsozialismus kein hoher Stellenwert in der Finanzierung des Wohnungsbaus eingeräumt.
Im erststelligen Beleihungsraum war ihr Anteil äußerst gering, weil der Staat nur in sehr bescheidenem Maße Emissionsgenehmigungen für Pfandbriefe erteilte, um den Markt für die staatliche Inanspruchnahme offen zu halten. Das Arbeitsfeld der Bank wurde dadurch zunehmend eingeengt; der Krieg zeigte Wirkung noch bevor er ausgebrochen war. Das Geld verlor erneut seinen Wert. Zahlreiche Schuldner zahlten vorzeitig ihre Hypotheken zurück.
Nach Kriegsbeginn wurde die Bautätigkeit stark eingeschränkt, die Hypothekennachfrage ging dramatisch zurück. Die letzten Monate des Krieges Anfang 1945 waren allgemein von wachsenden Auflösungserscheinungen überschattet. Der normale Geschäftsbetrieb stockte. Das Geschäftshaus in Berlin wurde durch Bombentreffer beschädigt. Darauf erhielt die Bank die Genehmigung, einen Ausweichbetrieb mit allen Vollmachten einer selbständigen Geschäftsleitung in Freising bei München einzurichten.
Für die in Berlin ansässigen Banken folgte nach dem Kriegsende eine lange Zeit der Ungewissheit. So war die Bank von Sperrmaßnahmen im Ostsektor betroffen, weil ihr Geschäftshaus in diesem Gebiet lag. Da die Zerstörungen in dem Gebäude ohnehin keine Arbeitsmöglichkeiten mehr boten, verlegte die Bank im Oktober 1945 ihren Sitz in die Westsektoren nach Berlin-Schöneberg.
Ende 1945 wurde die Bank dem Gesetz Nummer 52 der westlichen Besatzungsmächte unterstellt. Die amerikanische Militärbehörde erhielt dadurch Kontrollbefugnisse über das gesamte Vermögen der Bank. Neugeschäft war der Bank nicht gestattet. Sie konnte über ihre hypothekarischen Rechte in der sowjetischen Besatzungszone und in Ostberlin nicht mehr verfügen. Diese Forderungen, die etwa die Hälfte des Darlehensbestandes ausmachten, wurden im weiteren Verlauf praktisch zugunsten östlicher Institutionen enteignet.